MES系統與ERP系統，在倉儲管理上面存在著管理等級上的差別，一般來說，ERP系統能夠管理到倉庫當中各種類型物料的總量，以及所有物料的進出情況，但是，ERP系統沒能管理到物料在倉庫當中如何具體存放，也沒能對物料的進出規則進行有效的管理，比如：先進先出的管理，零散物料先出的管理等等。MES系統恰恰彌補了ERP系統在這方面的不足，從物料進廠檢驗開始，追蹤其入庫，出庫，產線使用消耗，產線剩余返倉，產線發現質量問題返回供應商等等一系列的行為和操作，為物料建立完備的歷史信息檔案，并提供相應的查詢和管理方法，滿足用戶在統計和物料追溯方面的各項需求。MES系統與ERP系統，在實際的運作當中，應該采用相互融合的方式進行信息的交流，從最根本上來保證倉儲信息的正確與及時，提高工廠在物料上面的管理水平。
MES系統當中對所有的關鍵物料實施條碼化的管理，并且根據實際的操作，實時進行匯總之后，傳遞給ERP系統，使雙方都能夠清楚當前倉庫的物料庫存情況，線上累積情況，線上消耗情況，等等信息。另外，MES管理系統根據一段時間內的生產排產計劃，產生物料的需求清單，并對比物料的庫存情況，將物料的短缺信息報告給ERP系統，促使ERP系統能夠快速的做出反應，生產物料的請購清單，保證生產的順利進行。
MES系統的集成性發展面臨著諸多困難，但隨著應用企業、產品廠商、行業組織的共同努力，MES的集成性發展正向著良性的方向發展MES新型體系結構的發展，不斷推動著集成技術與功能的完善，以及標準的統一;MES系統的集成對象已經不僅僅是直接相關的ERP、車間設備自動化系統等信息系統，現在已經開始逐漸將應用企業的更多相關的信息系統集成進來，MES系統與其他軟件連接，才能讓用戶得到最大限度的收益。
某公司已經實施了ERP系統，且ERP系統覆蓋了部分的生產相關的內容，便于生產成本的采集，通過MES管理系統的信息集成，自動生成了所有零件的生產指令卡，減少了信息的重復錄入量，顯著縮短了車間的生產準備時間，通過信息共享，提高了信息的透明度與利用率，提高了管理效率。
MES用戶一般要把MES系統與ERP系統同時使用，這兩個軟件在數據上和功能上的連通將會給用戶帶來最大的效益。效率MES系統在整個企業生產過程中扮演承上啟下的角色，介于ERP與車間底層自動化之間，是企業實現精益制造、柔性生產必不可少的信息化手段。