智能制造的廣泛普及和應用，對MES系統提出了更高的要求，如實現柔性生產、可擴展性、開放性以及能夠針對外界環境變化迅速重構、快速響應市場變化。因此，MES系統的標準化應當沿著以下展開的：體系架構的標準化、業務邏輯的模型化和標準化、信息結構的標準化。隨著MES系統實施方法論的成熟，實施模式和評價策略也在逐步走向規范化和標準化。
1.MES系統體系架構標準化
建立MES系統標準體系架構時，要站在企業經營管理的高度，由頂向下規劃MES系統的總體架構體系，并對模型下的每一個功能模塊進行了定義。MES系統標準體系架構分為平臺曾、執行層和業務層三部分，要求必須能實現整體過程協同和全局優化，實現不同廠商產品間標準化功能接口，提高MES系統對業務和管理持續變化的適應性。
2.MES系統業務邏輯的模型化和標準化
由于經營理念、開發目標、產品的成長基礎和歷程不同，MES系統和經營管理以及其他生產控制系統的邊界往往很難清晰界定，導致系統之間和功能模塊直接存在著較多的重疊。因此，MES系統廠商應該根據行業不同，把MES系統功能模塊進行劃分為生產運作管理、庫存運作管理、質量運作管理、維護運作管理等4個功能區，并給出這4個功能區的詳細活動模型
由于理念、出發點、產品成長基礎和成長歷程的不同，MES系統和經營管理及生產控制系統的邊界往往很難劃分清楚，軟件系統之間、功能模塊之間存在較多的重疊。因此ISA和 ISO/IEC 避開MES系統邊界到底在什么地方的爭論，針對更廣義的制造自動化系統構建參考模型。
MES系統的業務邏輯標準詳細定義了系統功能組成及各功能模塊之間的相互關系，各廠商的MES系統系統在實現與外部系統的集成時只要滿足標準定義的功能關系和數據接口關系就可以實現標準的集成。
3.MES系統的信息結構標準化
在功能模型的基礎上分析了MES系統相關的主要信息類型，辨識出MES系統應該主要考慮的職員、設備、物料、工藝段、生產能力、產品信息、生產計劃和生產績效等8個對象，使用UML定義了這些對象的模型并給出了相應的類及其屬性表。采用通用的信息技術標準，實現信息交換機制和交換方式。
4.MES系統的實施模式和評價策略標準化
主要給出了制造MES系統的實施策略和規范，包指MES系統實施組織架構、實施過程中各階段的作業規范、過程規范。為導入MES系統的企業和MES系統供應商進行產品咨詢服務和實施提供有效的依據。
評價策略的標準化主要定義MES系統投入使用后產品運行的穩定性、 數據的準確性、響應的及時性、數據完整性等技術性能評估方法和指標以及售后服務方式，為企業對MES系統軟件產品性能評價提供方向工具，也作為MES系統供應商的售后服務指導方案。