制造執行系統（MES）已經成為企業目前實施的熱點，但是與其他系統的實施不同，很多企業在MES實施前往往舉棋不定，無從下手，或是盲目上馬，匆匆收場。結合目前企業在MES實施過程中普遍存在的困惑，對中國制造企業在實施MES過程存在的六大難點進行了如下分析。
1、知識短板，形成心理障礙
在企業實施MES的往往是兩類不同知識結構的人才來進行，一種是傳統的IT人員，另外一種是工控人員（或設備管理員），由于MES是一個專業交叉很強的綜合項目，二這兩類人員因為在知識結構上差異（IT人員不熟悉與設備、控制等，而工控人員不熟悉IT），因此無論由誰來主導在MES項目實施前均存在一定的心理障礙，即便有的企業在實施MES的過程中將這兩類人才整合為一個項目組，但如果雙方缺乏合理的溝通機制，在理解上往往會出現偏差。
2、前期信息化實施矛盾集中體現
很多企業實施MES的動力來源于前期信息化項目，尤其是ERP項目實施應用到一定的程度，應用還比較好的客戶，在ERP深化應用的過程中，發現僅靠ERP系統并不能很好的解決生產管理的問題（如信息及時反饋、質量管理、高級計劃排程等等）。希望通過MES的實施能解決之前過程中的問題，因此前期ERP等項目應用中的矛盾問題就浮出水面，對IT人員而言無疑是一個巨大的挑戰。此外，MES的定位是制造執行系統，不少人認為是抓住了“救命稻草”，寄希望通過MES能解決所有涉及生產管理的問題。
3、個性強，涉及企業最核心業務
因為MES的實施必然會涉及制造企業最核心的業務——生產，而且個性化非常強，因此企業在實施MES的時候慎之又慎，往往會采取保守策略，畢竟生產線是經不起折騰的。
4、系統龐大，誰先誰后缺乏認識
ISA-95標準在給MES的定義**有11個標準模塊，這么一個系統龐大，模塊與模塊之前的邏輯關系如何？先實施那塊，后實施那塊？實施的前提是什么？是非常復雜的。
5、與ERP等系統之間邊界不清晰
同時MES在功能的描述上很多與ERP一樣，在功能上也存在一定的重疊、交叉，那么真正的內涵、外延如何？之間的邊界如何界定？如果沒有對ERP和MES有深入的研究，是很難界定的。
6、各供應商關注重點各不相同
此外，各MES解決供應商因為進入該領域的背景不同，其關注點也不相同，今天這個強調接口、明天那個強調質量、后天又冒出一個平臺、架構（SOA）……（“不聽還好，越聽越糊涂！”）這些好像企業都需求，但如何選擇到能真正適合自己的，給企業選型決策帶來了困難。
產生以上現狀的本質原因就在于——需求，企業對自身MES需求的理解。如果企業對需求有比較清晰的理解，上面的問題也就不成為問題。