1、環節復雜
MES系統項目的實施牽涉到三個大的環節：人、產品（軟件）和方法（行業解決方案）。三個環節環環相扣，只有其合力最大化才能使得系統實施的效果最優化。就“人”而言，眾所周知，ERP因其所處的戰略高度而被稱為“一把手”工程；相對而言，因MES系統的特殊性和重要性，它的實施落地更應該成為“層層一把手”工程。
2、涉及部門多
MES系統涉及的業務和部門非常多，只有高層重視才能順利開展。MES系統起著承上啟下的橋梁作用，企業必須從上至下對MES系統項目給予高度重視，通過“層層一把手”將責任落實到位。除了企業決策層以及部門領導高度重視外，處于一線的員工也必須接受培訓，從而加強企業內部管理業務流程的優化以及標準化工作等。此外，企業所有人員的融合參與也很重要。
3、容易產生誤區
MES系統實施過程的一大誤區是把它看作IT部門的事。事實上，MES系統應用必須由業務部門唱主角、IT做支持。工藝、計劃、調度、管理及信息等各方人員的參與也很重要。對企業來說，MES系統實施過程中會涉及很多業務流程改造，從而導致系統實施的困難加大。
面對諸多困難，需要企業領導及各業務部門在深入理解信息化建設內涵基礎上，由一把手親自主持、參與系統實施，動員企業全體員工共同參與。企業實施MES系統后必須將企業管理、考核與MES系統很好地結合起來，避免事前事后兩張皮的現象，這樣才有利于MES價值的最大化。