印染廢水是水污染的主要來源之一，其特點是污水量大、處理難度大。據估計，生產百米標準布平均耗水量為2.5噸左右，且廢水成分復雜，色度高。同時，廢水中含有大量的有機物，使其CODcr值高，堿性大，難以處理。
目前，主要處理方法分為物理法、化學法、物理化學法和生化法。近年來，運用光催化和電化學等方法治理印染廢水的研究得到了人們的重視。但是物化處理法通常費用較高，而且產生的廢物較難處理，效率也不高，應用有限。而生物處理法具有操作簡單、運行費用低、無二次污染、對環境友好等優點在印染廢水的處理中越來越受到重視。
目前國內主要采用好氧生物法、厭氧法和聯合處理技術。好氧法處理印染廢水，又分為活性污泥法和生物膜法等。厭氧法通過厭氧降解染料，可降解含有偶氮基、蒽醌基和三苯甲烷基的染料。但是這些染料的降解產物是芳香胺類化合物，屬致癌物質，且不能在厭氧條件下繼續被降解，即不能徹底降解實現染料的無機化，因此使用厭氧反應器直接處理印染廢水，鮮有報道。但是新型高效厭氧處理裝置的效能有了很大程度的提高，對進水COD濃度的要求大大降低。COD值為2000mg/l的廢水，通過厭氧消化一級生物處理也可達標。聯合處理技術就是厭氧法與好氧法相結合，即將厭氧與好氧工藝串聯起來，協同處理印染廢水。其中，厭氧處理主要是使印染廢水中可生化性較差的一些高分子物質發生水解、酸化，變成較小的分子，或者改變難降解有機物的分子結構，從而改善廢水的可生化性，為好氧處理創造條件。同時，好氧階段產生的剩余污泥也可全部回流到厭氧池，由于厭氧階段有足夠長的固體停留時間，污泥可以得到徹底的厭氧消化，從而使整個系統基本上沒有剩余污泥排放。
目前印染廢水處理的主要發展方向是微生物與處理技術相結合。許多環境工程師致力于篩選高效降解菌和構建基因工程菌，以利用大自然的廣袤資源來為人類服務。但是新開發的高效菌應用于廢水處理，并不一定能夠達到預期的強化效果。菌種在處理系統中能否占有優勢地位，廢水中復雜的組分是否會抑制其生長……諸多因素都會影響處理效果。因此，生物技術的應用必須經過嚴格的環境安全檢測和評價。同時，染料的降解機制以及微生物的代謝機制，還需進一步研究闡明。