倉儲管理作業源于商務，由于國內眾多WMS系統獨立于開發應用，脫離商務處理系統（ERP、SCM、CRM等）無法實現商流和物流一體化管理，增加了流通企業管理的難度和管理成本。
由于醫藥流通行業的倉儲管理涉及到GSP管理，并且批號要求嚴格、效期管理要求高，這些要求綜合在一起，管理難度復雜、難度大，是目前國內WMS系統難以解決的問題。
綜合我國流通企業的管理向網絡化、信息化方向發展的現狀，以及對倉儲管理的精細化要求，倉儲管理系統（WMS）將向以下幾個方向發展：
一體化企業業務管理系統、WMS一體化應用，提高對客戶訂單的反映速度，及時反饋信息；實現業務管理與物流作業協同，滿足企業商流物流一體化管理的系統。
集體化現代倉儲管理不僅是對業務系統的商務交易進行物流作業反映和作業結果反饋，而且還涉及到現代物流和技術的集成，以實現物流作業和數據采集的自動化管理，如與自動導向車、傳輸帶、升降機、堆垛機、電子標簽、RF等設備和技術的集成。在倉儲作業的整個過程中，可以利用現代倉儲自動化控制設備實現貨物的自動上架和下架作業，利用條碼、無限射頻、手持終端、電子標簽等數據采集和倉儲作業的自動化和智能化。
柔性化企業的發展是一個動態的過程，如企業發展戰略、業務范圍、業務流程都會不斷地進行調整，WMS需要根據企業的業務變化進行相應的調整和擴展，滿足企業不斷變化的管理要求，以適應企業的發展。倉儲管理系統（WMS）應遵循體系架構化、工具平臺化開發理念，以適應企業發展過程中不斷變化的需要，為企業持續發展提供信息化保障。
體系架構化，是指開發設計中考慮了倉儲作業管理的整體性，搭建了倉儲作業管理的整體架構，主要包括作業信息讀取管理、復核拼箱管理、復核發貨管理、配送管理、數據采集設備接口、自動化倉庫設備控制系統接口等。
工具平臺化，是指為了適應企業信息化應用的擴充和組合，滿足企業個性化的需求，例如，時空軟件就在其系統內提供了了多個基本管理單元模塊和開發工具，用戶的技術人員通過一個實施周期就能掌握開發工具的應用，可以更快地響應企業業務不斷變化的需要，實現WMS系統縱向和橫向的應用擴展，滿足企業長遠發展的需要。
行業化不同的行業有不同的管理要求，如，貴重商品對單品的管理要求比較嚴格，藥品和食品對效期、批號和批次的管理要求嚴格，藥品管理行業特色的GSP管理，一套WMS軟件不可能適應行業管理的需要，要走行業化和專業化的道路。針對藥品流通行業的管理特點，對采購入庫、采購退貨、庫房管理、銷售出庫、銷售退回以及越庫管理等業務，進行系統的規劃。把采購業務、庫存業務、銷售業務中涉及商品流動的作業環節，通過WMS進行管理，實現流通企業對商務和商品流動作業的管控一體化，并優化作業流程，減少不增值的作業環節，提高商品周轉率和準確性。