污水經一級處理后，用生物處理法繼續去除其中膠體狀和溶解性有機物及植物性營養物，將污水中各種復雜有機物氧化分解為簡單物質的過程，稱為二級生物處理。當含有有機物的工業廢水擬選用生物法處理時，可選擇圖中所述的程序。
影響廢水生物處理的因素有哪些：
1、負荷：生物處理反應器的負荷要控制在合理的范圍內。
2、溫度：好氧微生物在15～30℃之間活動旺盛;厭氧微生物的最佳溫度是35℃左右和55℃左右。
3、pH值：好氧微生物生長活動的最佳pH值在6.5～8.5之間，而厭氧微生物的活動要求的最佳pH值在6.8～7.2之間。
4、氧含量：空氣曝氣池出口混合液中溶解氧濃度應保持在2mg/L(純氧曝氣法要保持在4mg/L)左右，A/0工藝的A段溶解氧濃度要保持在0.5mg/L以下，而厭氧微生物必須在含氧量極低、甚至絕對無氧的環境下才能生存。
5、營養平衡：廢水中的各種營養物質不平衡，就會影響微生物的活性，進而影響處理效果。
6、有毒物質：廢水中的有毒物質含量超過限度，就會影響微生物的活性，進而影響處理效果。