電子商務中的任何一筆交易，都包含信息流、商流、資金流和物流。
賽迪顧問高級咨詢師遲聰冰分析認為，目前電子商務的發展主要有3個瓶頸：支付、物流，還有信用。網上可以解決信息流、商流、資金流等商品流通的大部分問題，但卻無法解決物流問題。專家認為，在電子商務的發展過程中，物流瓶頸不容忽視和回避，能否有效解決物流問題很大程度上決定了電子商務發展的空間。
禁錮在物流中的困獸
由于我國的物流發展起步晚、水平低，現行的物流體系很大程度制約著電子商務的發展。其主要表現為電子商務的認識僅局限于信息流、商流和資金流的電子化，忽視物流的電子化過程；流基礎設施不完善、管理技術落后、統儲運的體制和手段阻礙現代物流的發展、三方物流服務發展滯后以及電子商務發展的物流體系尚未建立。
在國外被證明成功的模式移植到中國能否成功，在多年前已被證實過不可行或可行性相對差。其主要原因是中國尚顯落后的快遞業以及用戶對郵購方式的不認同，直接導致了物流成為當前中國傳統電子商務所面臨的最難以逾越的鴻溝。數據顯示，中國網民和國外網民在網上購物方面最大的區別就是信用卡使用率不高，盡管各大銀行的發卡率增長迅速，但直到現在，中國仍然有70%的網民選擇貨到付款，物流上的制約成為很長一段時間內令中國電子商務廠商頭疼的問題。
“必須要完善物流配送體系，大力發展現代化物流，才能進一步推廣電子商務，充分發揮電子商務的跨時域優勢。”支付寶市場部負責人介紹，“目前電子商務化物流體系正在形成當中，已具備實戰能力。”
第三方物流聯盟效果明顯
中國電子商務要想取得持續發展，必須解決物流這個大障礙。對于傳統電子商務網站，只有在物流環節形成強大的“物流聯盟”，以支撐起整個電子商務產業的物流體系，也許才是突破瓶頸的真正出路。
所謂物流聯盟，是指電子商務網站以及郵政、快遞等物流企業組成的物流產業鏈，電子商務網站在其中扮演產業鏈的催生及帶動者，對目前物流資源進行合理而高效的整合與利用。
作為當前國內最大的網上安全交易服務提供商，支付寶率先引入物流合作，于2005年6月，與天津大田集團和宅急送成立了我國第一個電子商務第三方物流聯盟，11月又增加了亞風快遞，解決物流瓶頸，打造適合電子商務發展的現代化物流模式，為安全支付和交易再添砝碼。
“對于物流與電子商務公司來講，將達到雙贏。”支付寶相關負責人認為，支付寶日交易的飛速增加，也幫助物流商本身挺進了更廣闊的市場，促進了物流公司的現代化發展。
保障買賣雙方利益
據介紹，我國的網民目前約1.23億人，從1998年3月第一筆網上銀行進行的電子支付交易成功開始，這項業務發展十分迅猛，2004年電子支付交易額約74億元人民幣，2005年便增到160多億元。網上支付手段開始為更多的人所接受。
但是安全和物流方面的問題仍然讓網民對網上支付持“觀望態度”。一份來自美國eMarketer的2005年分析報告指出，網民對于銀行卡網上支付的安全性依舊持不信任的態度，以及產品配送的物流問題，都是電子商務發展面臨的瓶頸。
2005年支付寶率先喊出“你敢用，我就敢賠”的口號，支付寶的“全額賠付”是，如果在成交協議后，賣家沒有向買家寄送貨品或者買家收到的物品與描述不符，淘寶作為第三方監管將為買家提供與貨品價值等額的“全額賠付”，同時保障了買家和賣家的利益。
整合物流之后，支付寶在“全額賠付”制度的基礎上，2006年又推出“推薦物流賠付制度”，在支付寶交易過程中，賣家在交易中直接使用支付寶系統下訂單的方式選擇推薦物流服務，將享有支付寶與推薦物流公司協定的相應理賠內容：對于物品在運輸過程中的遺失、破損，及非本人簽收給客戶造成的損失，都能得到相應的賠償。買賣雙方的利益得到了保障。
據專家預測，到2010年，中國物流市場將達到11972億元人民幣，每年保持20%的增長速度。由于現在國內大部分的快遞公司都是以加盟方式鋪設網絡的，有分省市的，也有分區域的。快遞單位是獨立法人，基本不存在隸屬關系，利害關系不強烈，執行力度不夠，支付寶的第三方物流聯盟和“推薦物流賠付制度”將有助于市場的進一步規范。